ประวัติความเป็นมาของศาลเจ้าชินโกกุย้อนกลับไปในรัชสมัยของจักรพรรดิ์ยูเรียวคุ (ปลายศตวรรษที่ 5) เมื่อโมโนโนเบะ โนะ โอมุระจิ ประดิษฐานบรรพบุรุษของเขา นิกิฮายะฮิโนะมิโคโตะ หลังจากนั้น ตระกูลโมโนเบะ โนะ คาราคุนิ โนะ มุราจิ ได้ปกป้องศาลเจ้าชินคุนิ และได้ชื่อว่า `` ศาลเจ้าคาราคุนิ'' ในช่วงสมัยมูโรมาจิ โมโตคุนิ ฮาตาเกะยามะ ผู้พิทักษ์คาวาจิได้บริจาคโคคุ 200 ตัว และเป็นที่ประดิษฐานเทพเจ้าแห่งคะซุงะจากศาลเจ้าคะสึงะ ไทฉะ ในเมืองนารา ต่อมาในสมัยโอดะ โนบุนากะ ศาลเจ้าถูกทำลายด้วยการยิงของทหาร และในปี 1908 (เมจิ 41) ศาลเจ้านากาโนะที่อยู่ใกล้เคียงก็ได้รับการสักการะเช่นกัน ดังนั้นเทพทั้งสามที่ประดิษฐานอยู่คือ นิกิฮายะฮิโนมิโคโตะ ผู้ก่อตั้งกลุ่มโมโนโนเบะ อาเมโนะโคยาเนะ-โนะ-มิโคโตะ เทพเจ้าแห่งคาสึกะ และซูซาโนะ-โนะ-มิโคโตะ ทางเข้าศาลเจ้าเป็นทางยาวปกคลุมไปด้วยต้นไม้ และได้รับเลือกให้เป็นหนึ่งใน ``100 หญ้าเขียวที่ดีที่สุดของจังหวัด''