ศาลเจ้าคิชิกิตั้งอยู่ทางด้านตะวันออกของหอคอยปราสาทคิชิวาดะ และเป็นเทพผู้พิทักษ์ปราสาท รวมถึงสถานที่ศักดิ์สิทธิ์สำหรับเทศกาลคิชิวาดะดันจิริ ว่ากันว่าเดิมทีชินเมชะถูกสร้างขึ้นโดยเกษตรกรในท้องถิ่นเพื่อขอพรเพื่อการเก็บเกี่ยวที่อุดมสมบูรณ์ แต่เมื่อประมาณ 650 ปีที่แล้ว รูปปั้นสุสะโนะโนะมิโคโตะได้รับการร้องขอจากศาลเจ้ายาซากะในเกียวโต นับตั้งแต่นั้นมา จึงถูกเรียกว่าโกซูเทนโนะชะ และเจริญรุ่งเรืองเป็นเทพผู้พิทักษ์ประจำท้องถิ่น ต่อมาในสมัยเคโจ เมื่อฮิเดมาสะ โคอิเดะ ข้าราชบริพารของฮิเดโยชิได้ทำการบูรณะปราสาทคิชิวาดะครั้งใหญ่ ปราสาทฮาจิมัน โอคามิก็ประดิษฐานอยู่ที่นั่น และตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ปราสาทแห่งนี้ก็ได้รับการสักการะอย่างลึกซึ้งจากเจ้าของปราสาทและผู้พักอาศัยรุ่นต่อๆ ไป ด้วยการฟื้นฟูเมจิ นักบวชได้ขยายไปยังพื้นที่ที่กว้างขึ้น และเปลี่ยนชื่อเป็น "ศาลเจ้าคิชิกิ" และอาคารศาลเจ้าในปัจจุบันสร้างเสร็จในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2551 โดยได้รับพรจากนักบวช เนื่องจากปราสาทคิชิวาดะถูกเรียกว่าปราสาทชิกิริ ผู้คนจำนวนมากจึงมาเยี่ยมชมศาลเจ้าแห่งนี้ในฐานะเทพเจ้าแห่งการจับคู่ เทศกาลคิชิวาดะดันจิริอันโด่งดังเป็นเทศกาลประจำปีของศาลเจ้าแห่งนี้