ศาลเจ้าคุสุโมโตะเป็นหนึ่งในสามศาลเจ้าคุสุโมโตะที่มีรายชื่ออยู่ในเอนชิกิ และไม่ทราบวันที่ก่อตั้ง ว่ากันว่าในรัชสมัยของจักรพรรดิโยเมอิ ลอร์ดโมโนโนเบะ โมริยะได้ประดิษฐานเทพเจ้าผู้ยิ่งใหญ่แห่งฟุโตะให้เป็นเทพผู้พิทักษ์ปราสาทอินามูระ ซึ่งเป็นสถานที่หลักของปราสาท และเป็นเทพบรรพบุรุษของตระกูล ชาวบ้านได้รับความเคารพอย่างกว้างขวางว่าเป็นเทพเจ้าแห่งการเกษตรและศิลปะการต่อสู้ เทพเจ้าแห่งการไล่วิญญาณชั่วร้าย และเทพเจ้าแห่งการรักษาจากความเจ็บป่วย เทศกาลประจำเดือนจะจัดขึ้นในวันที่ 1 และ 15 ของทุกเดือน