ประวัติความเป็นมาของศาลเจ้าโอโนะจินจะมีอายุย้อนกลับไปก่อนคริสตศักราช และอีกชื่อหนึ่งคือ ``โอทาเคบิ โนะ มิยะ'' ว่ากันว่าเริ่มต้นขึ้นเมื่อวิญญาณของอิทสึเสะ โนะ มิโคโตะ ประดิษฐานอยู่ที่ฮามามิยะ หลังจากนั้น,859ในปี 2010 (โจแกนปี 1) เขาถูกย้ายไปยังตำแหน่งปัจจุบันของเขา ศาลเจ้าแห่งนี้เคยเป็นศาลเจ้าสไตล์เอนกิมาก่อน และบริเวณโดยรอบสระน้ำฟุตาโกอิเกะที่อยู่ใกล้เคียงก็มีซากปรักหักพังโอซาโตะด้วย และเชื่อกันว่าผู้คนตั้งถิ่นฐานอยู่ในพื้นที่ที่ค่อนข้างกว้าง ปัจจุบันฮามิยะเป็นศาลเจ้าในเครือของศาลเจ้าโอโตโกะ